炭化稻米 新石器時代，距今8000年左右
1995年湖南省澧縣夢溪鄉八十壋遺址出土
湖南省文物考古研究所提供
水稻是僅次於玉米的世界第二大糧食作物，全球一半以上的人口以此為主食。對於亞洲人來說，水稻就更為重要了，全世界90%以上的稻米產於亞洲，中國則是世界水稻播種面積第二、產量第一的國家。
什麼人在何時何地馴化了水稻？一百多年來關於稻作起源的討論吸引了植物學家、農學家、考古學家、歷史學家以及分子生物學家的前仆後繼。
第一位系統地討論栽培作物起源的學者，是19世紀瑞士植物學家阿方斯·德康多爾。當時因為在印度發現了很多野生稻，他提出印度是水稻的起源地。他還注意到歐洲的語言中“稻”或者“米”這個詞的由來都與梵語有關，從詞源關係可以看出水稻是從印度開始傳播的。蘇聯學者瓦維洛夫也提出了作物起源中心就是現存的栽培品種和近緣野生種基因多樣性最高的地方這一假說，他曾經考察過全世界很多地方，採集了大量標本和種子，最後也把水稻的起源地判給了印度。
這個觀點自然遭遇中國學者的質疑。著名農學家丁穎自1926年在廣州郊外發現野生稻之後，提出了“水稻起源於中國華南地區”。全世界的水稻品種雖多，但大體上可以劃分成兩類——秈稻和粳稻。秈稻一般來說比較喜暖，大多種植在亞熱帶和熱帶低海拔地區，粳稻一般來說較為耐寒，大多種植在亞熱帶和熱帶高海拔地區及溫帶，中國栽培的水稻既有秈稻又有粳稻，印度栽培的水稻幾乎都是秈稻，這也是丁穎極力主張水稻原產中國的依據。
1973年浙江餘姚河姆渡遺址7000年前人工栽培稻的橫空出世，使得對於水稻起源的研究轉變到考古學領域。考古學家嚴文明在20世紀90年代初，根據我國考古遺址出土的早期稻作遺存提出了“水稻起源於長江中下游地區”的觀點。隨著植物考古在中國的快速成長，水稻遺存在大量新石器時代早中期的遺址中被發現，如湖南澧縣彭頭山、湖南道縣的玉蟾巖、江西萬年仙人洞、河南舞陽賈湖、浙江餘姚田螺山、蕭山跨湖橋等等。這些遺址的年代大多在距今7000年以上，最早的遺址年代接近距今1萬年。
最近一段時間引起較多關注的是浙江浦江的上山遺址。2001至2008年的考古發掘表明，當時生活在這裡的古人曾使用稻殼和稻葉作為摻和料製作陶器，遺址還出土了極少量的炭化稻米。測年資料顯示該遺址的最早年代可早至距今11000年。負責進行植物浮選工作的中國社會科學院考古研究所趙志軍說，上山文化時期的炭化稻米是目前通過系統的浮選法在層位清晰的考古遺址中發現的最早的稻米遺存。上山遺址已經發現圍壕和居住址等跡象，尤其是遺址的早期文化地層中出土了一些紅燒土殘塊，這些紅燒土塊內摻雜了大量的炭化稻殼。這裡的陶器在製作過程中已經在製陶的坯土中摻和了大量稻殼，是為了增加陶器的透氣性和傳熱性，如同商周時期做銅器的陶範，為了使表面更加細膩，會加入大量的稻殼灰。摻入稻穀硬殼的普遍現象不僅顯示出上山先民製作陶器的特色，而且證明了稻與上山人的密切關係。
野生稻與馴化稻之間存在著一系列生物性狀的差別，其中最主要的兩項與植物自身的繁殖方式有關，一是落粒性，二是種子休眠性。野生稻的種子在成熟之後會自然散落，進入泥土，之後在適宜的氣候條件下再長出新的植株。如果遇到氣候條件不佳的情況，種子可以在泥土中長期休眠，而且不腐爛，直到外界條件適宜再萌芽。然而，人類種植水稻是為獲取籽粒供自身食用，因此馴化稻在成熟後並不會自動落粒，而是需要人類收割之後進行脫粒。此外，為了保證播種後的萌芽率，馴化稻種子的休眠性相比於野生稻也大大降低。這些不同也是用來區別水稻是否被馴化的重要依據。
中國科學院地質與地球物理研究所呂厚遠研究員的團隊，長期以來致力於植矽體的分類學研究，植矽體不但可以測年，而且通過對水稻扇形體邊緣魚鱗狀紋飾的數量進行統計分析，可以區分野生稻與馴化稻。他們將這一方法也用於上山遺址。最新的測試結果表明，該遺址的最早年代至少可到距今9400年。此外，對其中水稻扇形體的鑑定分析顯示，在上山遺址的最早階段，魚鱗紋數量大於等於9的水稻扇形體所佔比例高達36%，遠高於現代野生稻17%這一比例。結合由已知資料推測的水稻馴化速率，可以推測長江下游地區水稻的開始時間必然早於目前所知的9400年。
這項研究也表明，中國長江下游地區水稻馴化的時間與西亞的小麥、中美洲的玉米開始馴化的時間基本同步。趙志軍認為，在中國，水稻的馴化並不是一個具體的地點，它是一片大的區域，從時間概念上講，也是一個漫長的過程，上山遺址是一萬年前早期稻作農業階段的代表，那時人類已經開始影響稻的馴化，在距今8000年的時候，這一過程出現了大的飛躍，在河南賈湖出現了完善的聚落遺址、規模很大的加工作坊，這些跡象表明，稻農開始出現，生產工具開始細化，收耕工具出現，稻穀的馴化在加速。距今6000年前後，田螺山遺址的古稻雖然還有許多野生稻的特性，但稻穀的馴化已基本穩定，之後的基因變化不太顯著。到了5500年前的良渚文化時期，稻作農業生產系統已經相當完善發達了。
