黃豆性偏寒，胃寒者和易腹瀉、腹脹、脾虛者以及常出現遺精的腎虧者不宜多食。
不可生吃，有毒。食用了不完全熟的豆漿可能出現包括漲肚、拉肚子、嘔吐、發燒等不同程度的食物中毒中毒症狀。
中毒成分及機理：生大豆中含有一種胰蛋白酶抑制劑，進入機體後抑制體內胰蛋白酶的正常活性，並對胃腸有刺激作用。
現在市場上多個品牌的豆漿機最高熬煮溫度都不達100度，事實是不完全熟的，豆漿機磨完豆漿在鍋上加熱煮過，黃豆要煮開七次（或開後再煮15分鐘左右）為安全食用。
謹防家畜吃生黃豆中毒。但家畜生吃易引起肚脹甚至中毒，如搶救不及時會導致家畜死亡。
黃豆表皮厚，不容易被牙齒嚼碎。而且生黃豆含有抑胰蛋白酶毒素，能使消化液的消化作用降低，因而降低了飼料的消化率，尤其是幹黃豆，其消化率僅為50%左右，整粒黃豆更難消化。另外，在黃豆所含的糖類中，有的可以結合形成粘質半纖維，可在家畜消化道內發酵，產生氣體，形成脹氣現象；黃豆在胃中成為生豆漿，其中的皁素有刺激消化道粘膜和破壞血紅血球的作用。因而家畜食用後可能出現中毒的症狀，如腹痛、腹瀉、出汗、行走蹣跚、臥地不起、全身發涼、痙攣抽搐、呼吸困難等。
牛、羊、驢、馬等家畜誤食了生黃豆後，要嚴格控制飲水。如果飲水過多，容易引起急性胃擴張，導致胃破裂而死亡。如果家畜因誤食生黃豆出現肚脹和積食，可取香油500ml、人發50g、蜂房1個燒成炭，摻入燒開的香油內，候溫灌服，很快即可痊癒。為防止牛羊誤食生黃豆，應加強對家畜的管理，特別是還沒有上套的小牛、小羊羔，以免其偷食引起中毒。
黃豆每1000克中含有1970毫克的嘌呤，在各種食物中含量是最高的幾種之一，食用過量的黃豆或經常食用黃豆，會使人體內的嘌呤含量升高，在人體內嘌呤氧化後就會變成尿酸，人體尿酸過高就會引起痛風。所以食用黃豆要適量。
